1993年，回国后的姚刚在证监会担任期货部副主任一职，后任主任。1998年君安证券出事后他被直接点名主持与国泰的合并事宜，被任命为君安证券董事长，在国泰、君安证券公司合并后，被任命为总裁，当时他只有36岁。
在2001年全国券商业绩的排名中，在对证券公司业绩贡献最大的主承销商排名上，国泰君安因担任主承销商的家数首次超过南方证券公司，排在了第一位。与此同时，国泰君安证券公司仍然有一些历史遗留的大案要案没有了结，最著名的是大庆联谊案，但这些案件均发生在姚刚进君安之前。
2002年，阔别三年的姚刚回到了证监会，任发行监管部主任，此后一路高升：2004年7月任证监会主席助理、党委委员兼发行监管部主任；2008年任证监会副主席、党委委员。
